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Insegnamento: Bioinformatica A.A. 2010/2011
Docenti: Prof. Carlo Caporale
CFU: 5

Programma
Il corso si svolge sulla base del seguente programma:

I concetti fondamentali della comunicazione mediante computers. I fondamenti e le principali caratteristiche del linguaggio HTML. Il campo di applicazione e di sviluppo della Bioinformatica. Le banche dati scientifiche e loro interrogazione. Analisi della struttura primaria di proteine. L' algoritmo di Gray e suoi derivati. L’ assegnazione dei ponti disolfuro. Predizione della struttura secondaria di proteine. Ricerca di omologia di sequenza nei data base e analisi dell’esistenza di domini conservati. I data base a modello gerarchico, reticolare e relazionale. Utilizzo di programmi di multi-allineamento. Gli algoritmi di Needelman-Wunsch e di Smith-Waterman e loro integrazione in FASTA e BLAST. Consultazione di banche dati di struttura terziaria di proteine e loro utilizzo per la predizione di strutture secondarie e terziarie. Modelling molecolare. Le simulazioni Molecular Dinamics (MD), Langevin Dinamics (LD) e Monte Carlo (MC).

Sono previste esercitazioni in aula informatica.

Come parte integrante dell’ esame lo studente progettera’ e discuterà un sito web di sua creazione su tematiche da lui scelte.

Risultati di apprendimento
Scopo del corso è fornire agli studenti gli elementi basilari per la comprensione della comunicazione tramite Interne e le fondamentali conoscenze teoriche e pratiche per la comprensione e l’utilizzo di software sviluppato per l’ analisi strutturale e funzionale di proteine ed acidi nucleici ed utilizzo delle relative banche dati.




Propedeuticità obbligatorie
Propedeuticità consigliate
-
Testi di riferimento
Bioinformatica – Anna Tramontano - Zanichelli
Letture integrative ed ulteriore materiale di supporto saranno indicate durante le lezioni e messe a disposizione degli studenti.
Modalità di esame
Esame Orale
Commissione di Esame
Prof. C. Caporale, dott.ssa Laura Bertini
Informazioni didattiche
Frequenza:Frequenza facoltativa
Modalità didattica:Lezioni frontali   
Organizzazione della didattica :
  • Lezioni: 40 Ore
  • Esercitazione: 8 Ore
  • Laboratorio: 4 Ore

Orario Lezioni:

Inizio e fine lezioni:
- Viterbo;
Orari di ricevimento
Statistiche dei voti
A: 0% (voti 30 e Lode)
B: 0% (voti 28-30)
C: 0% (voti 26-27)
D: 0% (voti 21-25)
E: 0% (voti 18-20)

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Docenti
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16/02/2011 Esame Esame Scaduto
Questa Materia è presente nei seguenti curricula
Agrario
ex facoltà di Agraria - Università degli studi della Tuscia (Viterbo)